Nació en la hacienda de Siquisiva, municipio de Navojoa, Sonora, el 19 de febrero de 1880. Cursó la primaria en Álamos y Huatabampo. En 1903 contrajo nupcias con Refugio Urréa, quien murió poco después. De joven se dedicó a la agricultura en su finca La Quinta Chilla.

En 1912 tomó posesión como presidente municipal de Huatabampo, año en que empezó su  carrera militar al vencer a las fuerzas de Pascual Orozco al frente del Batallón de Voluntarios de Navojoa y Huatabampo. Más tarde este contingente se integraría al 4° Batallón Irregular de Sonora bajo las órdenes del teniente coronel Álvaro Obregón.

El general Álvaro Obregón integró el 4° Batallón Irregular de Sonora en 1912

A raíz de la muerte de Madero y del cuartelazo de Victoriano Huerta en 1913, fue nombrado comandante militar de Hermosillo, y posteriormente, jefe del Cuerpo de Ejército del Noroeste. Esta jefatura le permitió dirigir una importante campaña militar en contra de Huerta. Ese año, Obregón y todos los jefes sonorenses quedaron subordinados a la Primera Jefatura del Ejército Constitucionalista de Venustiano Carranza. Obregón realizó nuevamente campañas estratégicas que garantizaron su ascenso como general de brigada.

El general Álvaro Obregón firmando los Tratados de Teoloyucan en 1914

En 1914, Carranza le otorgó a Obregón facultades para recibir la autoridad política de la Ciudad de México. Ese mismo año se firmaron los Tratados de Teoloyucan, en el estado de México, que formalizaron la disolución del ejército federal y la entrega de la capital a las fuerzas constitucionalistas.

Ante la negativa de Francisco Villa de subordinarse a las fuerzas de Carranza, Obregón confirió su apoyo al Primer Jefe. En 1915, en Celaya, durante un enfrentamiento contra los villistas, Obregón perdió el brazo derecho pero logró el triunfo del constitucionalismo con la derrota de las fuerzas de Villa.

De marzo de 1916 a mayo de 1917 Obregón ocupó el cargo de secretario de Guerra y Marina en el gabinete de Carranza. Una vez restablecido el orden constitucional, se retiró a la vida privada en su estado natal y contrajo segundas nupcias con María Tapia.

En octubre de 1919 lanzó su candidatura a la Presidencia de la República con la publicación de un manifiesto.  Se rompieron las relaciones con  Carranza, quien apoyaba en la contienda electoral a Ignacio Bonillas. En 1920 el grupo sonorense, integrado principalmente por Obregón, Calles y De la Huerta, proclamó el Plan de Agua Prieta que desconoció  a Carranza como Presidente de la República y designó a De la Huerta Jefe Supremo del Ejército Liberal Constitucionalista.

Campaña política del candidato Álvaro Obregón a la Presidencia de la República,  Michoacán, 1919

Tras la muerte de Carranza en Tlaxcalantongo, Puebla, Obregón fue electo Presidente de México para el periodo de 1920 a 1924. Entre las acciones más importantes de su gestión destacan: el proceso de centralización política, que fue uno de los principales objetivos de su gobierno;  la reorganización del ejército mediante el control del poder político de sus integrantes; derrota de los rebeldes delahuertistas; impulso  al sector agrícola; apoyo a la Confederación Regional Obrera Mexicana (CROM) para encauzar el movimiento obrero; y la gran campaña educativa que llevó a cabo con el apoyo del secretario de Educación Pública, José Vasconcelos. El gobierno de Obregón obtuvo el reconocimiento oficial de Estados Unidos al firmarse los Tratados de Bucareli para atender los reclamos de extranjeros por daños sufridos durante la Revolución.

El presidente Álvaro Obregón con su Gabinete en 1921 De izquiedrda a derecha: Adolfo de la Huerta, Enrique Estrada, Plutarco Elías Calles, presidente Álvaro Obregón, Alberto J. Pani y Pascual Ortiz Rubio, entre otros.

Al término de su periodo, Obregón se retiró de la política para dedicarse a sus asuntos privados en su finca La Quinta Chilla. En 1927 el Congreso aprobó la reforma al artículo 83 constitucional que permitía la reelección del presidente después de un periodo intermedio y que ampliaba el periodo presidencial de cuatro a seis años. Ese año Obregón se postuló por segunda ocasión como candidato a la Presidencia de la República y resulto ganador en las elecciones de 1928. Sin embargo, el 17 de julio de 1928, Obregón fue asesinado por José de León Toral, un activista religioso involucrado en el conflicto entre el clero y el Estado. Obregón escribió la obra Ocho mil kilómetros en campaña.

Banquete ofrecido por los diputados guanajuatenses en el  Restaurant de la Bombilla, Ciudad de México, donde fue asesinado el presidente electo Álvaro Obregón el 17 de julio de 1928